南通市围绕“因地制宜、绿色低碳、经济可行”的治理理念，结合农村居住特点，按照“能集中则集中，宜分散则分散”原则，灵活采取“有动力＋无动力”、“集中式＋分散式”的治理模式组合，分类分级推进实施。

具备接管条件的，优先通过管网将农户污水输送至乡镇污水厂集中处理；不具备接管的农民集中居住区，就地建设集中式小型污水处理装置；对水环境敏感区域内的农户，优先采用有动力处理模式，尾水执行一级排放标准；对一般区域内的分散农户，则采用分散式无动力生态化处理模式。灵活多样的治理模式，既满足治理需求和排放标准，又显著降低建设及运维成本，实现了环境效益和经济效益的双赢。